Cet observatoire a pour but d'étudier la dynamique des communautés et groupes fonctionnels microbiens (bactéries et archées) pélagiques, présents au niveau du front de Ouessant en mer d'Iroise (campagnes M2BiPAT) et de la station SOMLIT en rade de Brest.

La problématique concerne l'impact du changement global sur les zones côtières et son importance relative par rapport aux activités humaines locales (global vs local). L'objectif général de SOMLIT est orienté vers la détection de ce forçage en zones côtières fortement influencées par les impacts locaux des activités humaines. L'étude du littoral français dans son ensemble, rendue possible par le choix de sites à situation de normalité, d'un suivi de paramètres pertinents, d'un échantillonnage bimensuel et de la mise en place d'une charte qualité, permet une approche multi-paramètres et multi-sites.