La Directive "Habitats-Faune-Flore" (92/43/EEC) demande tous les 6 ans aux Etats membres un rapport national sur l'état de conservation des espèces et des habitats d'intéret communautaires (annexes I, II, IV et V de la Directive). En France métropolitaine, les espèces ou habitats sont évalués à l'échelle de 6 régions biogéographiques (Alpin, Atlantique, Continental, Méditerraneen, Marin Atlantique, Marin Méditerraneen). L'état de conservation des espèces est évalué grâce à différents critères (aire de répartitiion, population, habitat d'espèces, etc.). Ces évaluations sont utilisées dans le cadre de la DCSMM pour les espèces de poissons migrateurs qui ne bénéficient pas d'indicateur quantitatif permettant de renseigner l'atteinte ou non du bon état écologique. Elles s'appliquent uniquement au cas des espèces amphihalines listées en annexe de cette directive (aloses, lamproies, esturgeon, saumon).