Date (Création)

2018-01-23

Date (Révision)

2021-02-25

Identificateur

FR-330-715-368-00032-IFR_BIOINFO_BAC_TRAC2

Identificateur

DOI:10.12770/ddce4bf7-2b71-4929-aa20-50a8fd0e706a

Reconnaissance

Ifremer - Laboratoire d'Ecologie Pélagique

GEMET - INSPIRE themes, version 1.0

• Habitats et biotopes

Thèmes Sextant

• /Milieu biologique/Bio-Informatique

Limitation d'utilisation

CC-BY (Creative Commons - Attribution)

Contraintes d'accès

Licence

Contraintes d'utilisation

Licence

Langue

Français

Jeu de caractères

Utf8

Catégorie ISO

• Environnement

Nom du système de référence

EPSG / WGS 84 (EPSG:4326) / 8.6

Format (encodage)

• ( )

Ressource en ligne

/home/ref-bioinfo/ifremer/sg2m/bactrac ( NETWORK:LINK )

Ressource en ligne

lien de téléchargement ( WWW:DOWNLOAD-1.0-link--download )

Données BacTrac (lien de téléchargement)

Ressource en ligne

DOI du jeu de données ( WWW:LINK-1.0-http--metadata-URL )

DOI du jeu de données

Niveau

Jeu de données

Généralités sur la provenance

Les nouvelles technologies de séquençage haut débit (NGS) proposent de nouvelles méthodes d'analyse de la diversité microbienne dont l’approche metabarcoding 16S. Cet outil a été sélectionné dans le cadre du projet BacTrac ((BACtéries fécales, TRACeurs de contamination dans les eaux, 2016-2020) pour développer de nouvelles boites à outils de "Microbial Source Tracking" (MST, pour traceurs de sources microbiennes). Un échantillonnage de fèces (comprenant en particulier des fientes d’oiseaux sauvages) et d'effluents de différentes origines (sources de pollutions) a été réalisé en France (principalement en Bretagne), et les ADN totaux ont été extrais. La diversité bactérienne de ces échantillons a été explorée en ciblant la région hypervariable V3-V4 du gène codant pour l'ARNr 16S, le marqueur taxonomique de référence pour l'identification des bactéries, cultivées ou non. Les données de séquençage (Illumina MiSeq) ont été analysées avec des outils de bioinformatique (principalement SAMBA, pipeline développé au Sebimer) en exploitant les ressources du calculateur datarmor d'Ifremer. Ces analyses bioinformatiques couplées à des analyses biostatistiques ont permis d'extraire les ASVs spécifiques à une série de sources. Un alignement des séquences obtenues avec une base de données créée au laboratoire permet de définir des amorces spécifiques utilisables en qPCR pour une investigation routinière des sources de pollutions ciblées.

Identifiant de la fiche

ddce4bf7-2b71-4929-aa20-50a8fd0e706a XML

Langue

Français

Jeu de caractères

Utf8

Type de ressource

Jeu de données

Date des métadonnées

2023-07-06T12:27:18.909Z

Nom du standard de métadonnées

ISO 19115:2003/19139 - SEXTANT

Version du standard de métadonnées

1.0